首先是法理层面。根据物权公示原则，物权的设定和变动应当采用便于交易主体和第三人追踪物权状态的方式予以公开。按照我国法律规定，权利质权的公示方式取决于该权利是否具有权利凭证。占有是出质有权利凭证的有价证券的公示方式，而登记是出质无权利凭证的有价证券、基金份额、股权、知识产权中的财产权、应收账款等的公示方式。我国碳排放配额并无设权式凭证，其质权的公示应当采取登记的方式，实践中大量存在的未经任何机构登记的出质行为与在碳排放配额上设质的法定要求不符。
同时，现行担保登记方式可能导致登记信息不真实、重复担保等法律风险。动产融资登记系统采取声明登记制，主要适用于登记对抗主义。在该登记制下当事人仅需提交最基础性的信息，而无需提供基础交易文件，且登记机构并不对登记内容做实质性审查，不确认登记内容的真实性、完整性和合法性，系统公示信息只能起到提示说明作用，无法对用于担保的碳排放配额进行监管，也无法确保碳排放配额真实的权利状态。
其次是实践层面。一是妨碍履约风险。当前，为企业办理“质押登记”的机构无法有效识别企业是否存在欠缴配额。在极端情况下，企业未能如期偿还贷款引发的法律纠纷，极易导致相关配额被司法冻结甚至被人民法院执行，从而导致企业无法履约。
二是质权实现风险。目前碳排放配额“质押登记”后无法对设质配额进行确权、区分标识和冻结，无法实现实时监控和管理。由此很可能引发市场主体对同一笔碳排放配额向多个金融机构重复出质、先质后卖等实践问题，质权人的优先受偿权将无法得到保障，放款后可能发生担保纠纷。这为全国碳排放配额质押业务的系统管控带来了极大挑战。
三是交易信用风险。当前，企业在非确权登记机构处办理全国碳排放配额质押登记，甚至仅订立合同而不办理登记。订立合同后，出质的碳排放配额不在质权人或第三方的控制之下，导致这些质押融资名为质押贷款，实为无质押物的信用贷款，出质人的违约风险较高。如果今后碳质押违约事件频发，将对全国碳市场的公信力造成不良影响。
四是市场秩序风险。在当前碳排放配额质押需求旺盛的背景下，不法分子有动机、有机会通过实施伪造登记文件骗取银行贷款。如果市场参与人难以辨别文件真伪，注登机构出具正式文件的真实性和有效性或将受到质疑，这将严重扰乱全国碳市场的正常运行秩序。
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